在商业秘密侵权纠纷案件中，举证责任采取谁主张，谁举证的一般规则之外，在审理中适时实行举证责任转移的原则，在商业秘密侵权诉讼中原告完成对被告违法行为的合理证明之后，举证责任向被告转移，其必须对自己不违法进行合理证明；

在商业秘密侵权案件审理过程中，无论是原告提出诉讼主张，还是被告对于原告诉讼主张的否认和抗辩，结合案件双方当事人的证据材料情况，都可能存在证据提出责任的负担，并且在具体的情况下也会发生举证责任的转移，主要情况有：

1）对于商业秘密侵权案件，原告通常需要先证明其对所争议的商业秘密享有商业秘密权，从现行规定的要求，原告需要提供商业秘密的内容、载体、范围以及符合商业秘密法三个构成要素的条件的证据材料；

原告对于其商业秘密内容的披露程度与被告被控侵权行为涉及的商业秘密的程度是密切相关的，原告在举证时为了防止二次泄密往往仅披露其商业秘密内容的一部分。因此，在要求原告进行举证时也是依据其在诉讼请求中所主张的被告知悉其商业秘密的程度加以证明；在此情况下，举证责任就向被告转移，被告也可以针对原告的主张加以反驳和抗辩，通过举证证明其披露、使用的信息与原告商业秘密不具有一致性，或即使一致能证明是通过合法受让、许可或者反向工程、自行研发等途径获得商业秘密的证据；

2）对于违反合同约定侵犯商业秘密的案件，原告通常情况下提供证据证明被告曾经接触或者知晓原告的商业秘密的事实，被告存在违反保密协议的约定或者合同的保密条款，披露、使用或者允许他人使用原告的商业秘密后，举证责任便转移给了被告，被告如果否认、反驳的就必须举证证明其实如何遵守合同中保密条款的约定或者保密协议的要求，原告的商业秘密披露、使用的行为与其无关；

3）对于雇佣关系中被告有可能接触原告商业秘密的事实，在被告是原告单位的 雇员，有条件接触和知悉原告商业秘密的前提下，如果存在披露、使用、允许他们人使用的行为，举证责任转移给被告，被告应对证明其如何合法取得该商业秘密的。